Untuk pergi ke Raja Ampat, Anda bisa berangkat dengan pesawat dari daerah masing-masing dengan tujuan kota Sorong. Jika terbang dari Jakarta atau kota-kota besar lainnya di Pulau Jawa, Anda bisa naik pesawat Garuda, Batik atau Sriwijaya. Ketika tiba di Sorong, Anda bisa melanjutkan perjalanan dengan taksi bandara ke Pelabuhan Rakyat. Selanjutnya perjalanan ke Raja Ampat bisa dilakukan menggunakan kapal cepat. Harga tiket sekitar 100,000 per orang untuk kelas biasa dan sekitar 225 ribu untuk kelas VIP. Perjalanan dari Sorong ke Waisai menghabiskan waktu kurang lebih 2 jam.